聖紅闇学園に通う学生の綾辻真（主人公）は、両親の海外転勤でひとり暮らしするはずが、ひょんなことから、幼なじみで従姉妹の護法あやと聖紅闇学園の教師秋端優依と同居することになった。
ふたりの同居人と騒がしくも楽しい日々を過ごしていた真だったが、巷を騒がす神隠し事件に関わってしまったことから、その事件の裏で暗躍する超常能力者同士の戦いに巻き込まれ……。