聖紅闇学園に通う学生の綾辻真（主人公）は、両親の海外転勤でひとり暮らしするはずが、ひょんなことから、幼なじみで従姉妹の護法あやと聖紅闇学園の教師秋端優依と同居することになった。
ふたりの同居人と騒がしくも楽しい日々を過ごしていた真だったが、巷を騒がす神隠し事件に関わってしまったことから、その事件の裏で暗躍する超常能力者同士の戦いに巻き込まれ……。

本作は、神楽崎3部作の第3部です。
(第1部　鎮花祭、第2部　てんしのはしご、第３部　霊響)両親が海外へ転勤により一人暮らしを満喫しようと思っていた綾辻真(あやつじまこと)は、ひょんな事から幼なじみで従姉妹の護法あや(ごほうあや)と新任の女教師秋端優依(あきはたゆえ)の二人と同居することになる。
入学早々、校内魔術結社に無理矢理入会させられたお陰でオカルト嫌いの科学部員総領みなみ(そうりょうみなみ)に付きまとわれたり、みなみの姉で近所の神社のちっちゃな巫女さん砂倉由美(さくらゆみ)と仲良くなったりと、それなりに楽しい学園生活を送っていた。
巷を騒がせる神隠し事件を関わったことから、真の運命は大きく傾いていくことになる。
暗躍する超常能力者、続発する不気味な事件。
事件は真の存在を中心に急展開をみせ、やがて事件の裏に隠された真相と敵対する二つの勢力の正体が明らかになっていく。

幼い頃にひと夏を一緒に過ごした少女に会うために一風変わった校風を持つ聖紅闇学園へやってきた内田望(うちだのぞみ)は、学園に渦巻く陰謀の渦中へと巻き込まれていく。
輝くような純粋さを持つ少女。
好きという感情が理解できない女の子。
禁じられた術に魅入られた者。
全てを見透かす闇色の瞳を持った旧図書館の主。
それぞれの思惑が錯綜するなか事件は意外な方向へ……。

花と供に撒き散らされる災厄を鎮めるために古来から行われている祭。
　特殊な古神道を継承する神楽崎一族が実権を握る地方都市『葛城市』。
　俺、秋端忍は天然ボケの姉優依と二人暮らしだ。
「うぎゃーーっ！」　今朝もベッドの中で悲鳴を上げる俺。
　古流武術を習っている優依が俺を起こすために、間接技を掛けたのだ。
「だって忍さん、お姉さんと一緒にお稽古してくれないんですものー」　俺が文句を言うと、瞳を潤ませる優依。
「忍ちゃん、おそいよー。
早くご飯食べないと遅刻しちゃうよー」　毎朝、朝飯を食べに来る幼なじみめぐみ。
「なんだ、めぐみ。
また施しを受けに来たのか」「ひどいなぁ。
忍ちゃんが遅刻しないように迎えにきてるんだよー」　今日もいつもの朝が始まった。
　しかし、祭りが近づくにつれて、俺の周りでは不思議な事件が起こりはじめた……。
俺、秋端忍は天然ボケの姉優依と二人暮らし。
祭りが近づくにつれて、俺の周りでは不思議な事件が……。