新堂忍（主人公）には三年より前の記憶がない。
それは三年前に起きた原因不明の大事件がきっかけだというが、それも覚えておらず、自分が新堂忍本人であるかもぼやけていた。
それでも周囲の人間たちに支えながら平凡だが、幸せな時間を過ごしていた。
だが、そうした“今”に違和感を覚えていた忍は、生家のあった、現在は小さな杜しかない神社で物思いに耽ることが多かった。
ある日、その神社に訪れると、突然現われた異形の化物に襲われる。
必死の抵抗もむなしく、化物に追い詰められた忍は、死を覚悟する。
そのとき、神社の敷地に残っていた神木から光が溢れ、神と名乗る少女が現われる。
「やれやれ五月蠅くて眠りにつけないではないか。
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新堂忍（主人公）には三年より前の記憶がない。
それは三年前に起きた原因不明の大事件がきっかけだというが、それも覚えておらず、自分が新堂忍本人であるかもぼやけていた。
それでも周囲の人間たちに支えながら平凡だが、幸せな時間を過ごしていた。
だが、そうした今に違和感を覚えていた忍は、生家のあった、現在は小さな杜しかない神社で物思いに耽ることが多かった。
ある日、その神社に訪れると、突然現われた異形の化物に襲われる。
必死の抵抗もむなしく、化物に追い詰められた忍は、死を覚悟する。
そのとき、神社の敷地に残っていた神木から光が溢れた。
「やれやれ五月蠅くて眠りにつけないではないか。
」光の中から現れた、尊大な口調の女の子は自分がここに祭られている神だと名乗った……。