「目覚めたら美少女に！？」喧嘩の傷を消毒しに保健室にやって来た主人公の志雄。
保険医が居ないので適当に治療を始めたが、そこへ保険医のめぐりが戻ってくる。
説教をされちゃかなわないと逃げ出す志雄。
彼が去った後、消毒に使ったとおぼしき薬瓶を見て、めぐりはしまったという顔をする。
志雄が使ったのは消毒薬ではなく、めぐりが研究していたある種のウィルスだったのだ。
教室に戻る最中に、ウイルスに冒され寒気を覚える志雄。
そんな折、因縁を付けに来た上級生と喧嘩になり、乱闘中に突如昏倒する。
どれくらい間、意識不明になっていたのかは分からないが、どこかの病室で気付く志雄。
体中が痛み、どれくらいやられたのかと鏡を覗くと、そこには見覚えのない女の子の顔が映っていた。
「この娘は…お、俺か!?」絵空事だと思っていた事が自分の身に振り掛かり愕然となる。
昏倒から1年。
紆余曲折の末、元の身体に戻る方法はここにしかないという結論に至った志雄は、名前を志織と変え新入生として再び学園に戻って来た。
女の子して学園生活を送りながら元の身体に戻る方法を探そうとするものの、ちょっとアレな趣味の女の子や、元親友が正体を知りながらもちょっかいを出して来て、志織の新生活はただじゃすまない……!?