主人公「蓮城 希望（れんじょう のぞむ）」は、学生でありながら精神医学の分野で高い評価を受けている若き天才、若干の変人癖があり、周りからは多少浮きつつも、将来を嘱望される存在だった。
同じく精神医学者だった亡き父の研究を引き継ぎ、日々、女性の心の悩みを解消する方策を探る毎日を過ごしていた。
そんなある日、亡き父と自分の研究成果として、万全の自信を持って提出したある論文を、失笑と共につき返されてしまう。
その論文内容とは、「女性の現在の悩みは、過去の青春時代における葛藤にある！」という主張のもと、「その青春時代の葛藤を、催眠術で改ざんし、新たに満たされた学生生活を追体験させ、現状の鬱症状を改善する。
」というもの。
「あくまで『机上の空論』、馬鹿馬鹿しくて話しにならない。
」失笑まじりにつき返された論文、父と自分の研究成果をバカにされたと感じた主人公は憤激し、「『机上の空論」というならば、実際に実験でもって証明してみせる！」と強く心に誓うのだった。
とはいうものの、被験者を探すのは容易ではなく、どうにかしてかき集めたのは『主人公を溺愛する母・未来（みらい）』『未来の友人である近所の人妻・柴崎鏡夏（しばざき きょうか）』『昔馴染みの人妻・添田いずみ（そえだ いずみ）』の3名。
こうして、精巧な学園のセットを舞台に、雰囲気作りには欠かせないという主張のもと『セーラー服着用の人妻達』と主人公の壮大な実験が開始される。
しかし、『人妻セーラー服カウンセリング』は、やがて主人公の想像を超えた方向へと突き進んでいくのだった！・・・主に性的な方向へ。