「工作活動に潜り込んだのは、なんと普通の学校だった！？」誇りと武勲を重んじる「帝国」とその武力に怯える小国がひしめく世界。
隣国の強敵「ジュラヴリ共和国」の軍事訓練施設が発見されたとの情報を受け、共和国への潜入諜報活動を任じられた帝国軍の「入谷少尉」と主人公の「黒須」。
ところが浸入した先は、どこからどう見てもごく普通の学園だった！！共和国の生徒「イリヤ」、「クロス」として潜入調査を行う2人だけど「入谷少尉」はガチガチの軍人気質、目立つなと言うのにトラブルばかりを引き起こす。
付き合わされて、さんざん振り回される主人公。
毎晩の暗号無線はいつしか悲鳴と愚痴ばかりに……ところが学園での自由で平和な時間は「入谷」を「イリヤ」へと変えてゆく……この凸凹コンビ、スパイ生活の結末はいかに？！