『すめらぎの巫女たち特別版』は新規シナリオ、イベントCG、キャラクターボイスを追加!!さらに今までSLGは苦手だから……とか、アドベンチャー部分のみを楽しみたい！というユーザー様の為に「戦闘スキップモード」を搭載しての特別仕様となっております!◆ストーリー魔を封じ、世の安寧を保つことを目的に設立された特務機関『封魔』（美少女巫女軍団）は、大きな異変が現世に生じたことを察知していた。
かつて強大なる軍勢を率いて聖なる神と戦い、破れたはずの邪神の復活である。
そして、邪神の生まれ変わりである者が……主人公北川大輔は、幼馴染の吉川夢見に世話を焼いてもらいながら、日々をおくる普通の青年だったが、黒羽沙夜と名乗る美女に誘われるがままに性交し、自身が邪神の転生者である意識と能力を取り戻す。
覚醒した大輔に沙夜は、自分の屋敷に来て欲しいと願い出る。
夢見を巻き込まぬ為に、屋敷に向かう大輔だが、何故か夢見も押しかけ大騒動!?沙夜と夢見の直接対決に震えて見守る邪神（大輔）や、こっそり白蛇の精くらきと艶本買いに屋敷を抜け出す邪神。
はては、夜這いに全身全霊をかける邪神等等、覚醒してもやっぱり大輔は大輔であるのですが、封魔からしてみればやはり邪神!!次から次へと封魔の美少女はもちろんの事、異国のシスター等数多の美少女が大輔に襲い掛かり、嬉しさ半分苦しさ半分の邪神人生。
はたして大輔は邪神として、千年にもわたる戦いに終止符が打てるのか!?