近未来、巷を賑わせていたのは二人組みの怪盗キュアフローネ。
今日も願いを叶えると言われる宝石ピュアストーンを求めて夜の街を飛び回る。
そんな彼女等に対するは、かつて少年探偵として活躍した敷島正太郎。
自ら開発したメカを操り、彼女等に対抗する。
更にピュアストーンを狙うマッドサイエンチストのDrチャンも加わり、三つ巴の戦いが始まる。