銀河開拓から数世代。
辺境惑星の少年ホワールは、街の外れに降り立った海賊船で不思議な少女トゥインと出会う。
海賊船に捕らわれているに違いない。
そう早とちりしたホワールは、彼女を海賊船から連れ去る。
儚い逃避行の間に、少しだけ打ち解ける二人。
この娘を守りたい、そう決意するホワール。
彼が知り得るはずがなかった。
可憐な少女が、史上最強の戦艦ゼピュロスの機能中枢である事を。
やがて少年は、人間の自由と尊厳を賭けた苛烈な戦いへと巻き込まれていく。