地球滅亡の危機！人類はかつてないほどの強大な敵が接近している事にまだ気がついていなかった・・・。
だが、宇宙物理学者の柊 雄三だけは、その存在にいち早く気付いていた・・・。
しかし、時すでに遅し！謎の敵に襲撃され、瀕死の状態の柊 雄三・・・。
そこへ、孫のタケルが現れる。
瀕死の雄三から次々と、驚くべき事実を告げられるタケル・・・。
敵の襲撃までに1年しかない事、「軍神」と呼ばれる超兵器が地球を狙っている事など・・・。
その驚くべき内容に愕然とするタケルに、雄三は更なる事実を告げる・・・。
それは、敵に対抗する為に雄三も地球の「軍神」を用意していたのだ！しかし、三位一体の合体型マシーンで完成しているのは一号機のみ・・・。
志半ばで息をひきとった雄三の意志を引き継ぐ決心をするタケル。
だが、残された時間内に未完成のマシーンを作れる博士達を見つけられるのか？更に、残りの機体を操縦出来るパイロットを見つけることが出来るのか？そして、敵の「軍神」を倒し地球を守る事が出来るのか？地球の運命を握るタケルに残された時間は・・・あと一年・・・。