館内倉庫、ぐったり疲れ果てた梨花の傍らで、衣服をズタズタに引裂かれ犯され続けるカスミ。
翌朝、梨花が目をさますと、カスミともう一人の刹弥の姿はすでになかった…。
それだけではなく梨花たち、全員の前夜の記憶は完全に失われていた。
そして再び正午を告げる鐘が鳴る。
十一、十二…そして十三。
「兆候」が始まった。
メイドたちは再び欲情の渦に巻き込まれてゆく……。
苦痛と快楽の間で次第に明らかになってゆくもう一人の刹弥たちの過去、正体。
そしてカスミは……!?

かざはな荘の管理人・深雪と結婚した「縛り師」伊東晴一は今まで以上に深雪への調教を深めていった。
住人のかすみも二人の行為に触発されるように、肛門にキュウリを入れたり、出したりとオナニーに耽っていた。
そんなある日、突然義理の妹・霧子がやってくる。
彼女は晴一に調教を依頼する。
戸惑う晴一は師匠・知念早雲に相談をし、遂に霧子への調教を決意するのだった。
もう妹としてではなく、一匹のメス犬として霧子を調教する晴一。
彼の愛玩具と化した霧子は貪るように一物を愛撫し続け、そして淫歓の声を叫び続けるのであった。
しかし、母・霖が霧子を連れ戻しにかざはな荘に乗り込んできた。
霖も又、調教再開を哀願し、晴一は二人を調教することになる。
しかし…

消息を絶った瑠璃を探し回っていた博士たちは、ついに富士の麓で瑠璃の気配を見つける。
しかしそこにいたのは、もはや博士たちの知る彼女ではなかった。
赤く染まったその瞳には、自分を封印した人間たちへの憎悪が渦巻いている。
周りの生命ある全ての物の生気を吸収しながら不敵に笑い、憎むべき人間たちに復讐を始めようとする瑠璃。
瑠璃を止めようとするが、逆に瑠璃に取り込まれてしまうこるり。
綾霞の放つ破魔の斬撃も、今の瑠璃には効く様子も無い。
その悪しき憎念の中、生気を吸われながらも瑠璃に近づいていく博士。
はたして博士の想いは瑠璃に届くのか!?

――「僕」は目覚めた。
雪に閉ざされた山間の旧い館で。
頭に怪我を負い運ばれたという。
書物と絵画に囲まれ、椿を愛でる妙齢の女館主も、悲しげに微笑む四人のメイドも皆、全てを知っているようだ。
「僕」には分からない。
思い出すことができない、何もかも。
「あなたは刻（とき）のないこの館に、時間を持ち込んでしまった」蝋燭の灯りで語られる神隠し伝承に導かれるように、歯車は回り始めた。
深夜零時。
数十年、動くことのなかった大時計が、十三点鐘を告げる。
内なる井戸の底から這い出した黝（あおぐろ）い翳（かげ）が徘徊する時、闇に漏れ聞こえるメイド達のすすり泣きは、恍惚…それとも――。

クリスマス間際の華やぐ街を、一人寂しく歩き去る博士。
瑠璃が博士の元を去ってから、もう1週間が過ぎていた。
そんな博士の前に、瑠璃が封印されていた壷の中からもう一人の少女「こるり」が現れる。
自分も瑠璃だと言い張る少女だが、瑠璃の行方は彼女にも分からないらしい…。
落胆に肩を落す博士を見兼ねた陽子は、自分の心に正直になれと博士を諭す。
「本当に瑠璃さんのことが好きなら探しに行くべきよ」と。
その言葉にうなずく博士。
自分の今すべきこと、瑠璃を探しに行く決心をするのだった。
そして瑠璃とこるりを滅する存在、退魔師「綾霞」も登場し、物語はいよいよ佳境へ向かう。

ふとしたきっかけで雪女「瑠璃」の封印を解いてしまった真部博士は、なぜか彼女と同居生活をすることになってしまった。
現代での生活に慣れず、行く先々でトラブルばかり巻き起こす瑠璃。
雪女のため体に触れることすら出来ないのに、無理に世話を焼きたがる彼女に辟易する博士。
だが、瑠璃の一途な姿を見ているうちにわだかまりは消え、博士は次第に彼女に心惹かれてく。
そんな中、体に異変が起こり突然倒れてしまう瑠璃。
博士に迫る、もう一人の瑠璃の正体とは…!

俺は「伊東晴一」。
今度、大学受験に備えてアパート「かざはな荘」で一人暮らしを始めたところだ。
ところが、このかざはな荘、とんでもない秘密が隠されていた。
何で屋根裏にSM用の調教部屋があるんだ?実は管理人さんの天羽深雪のもう一つの顔は、調教を待ちわびる淫らな女性だったのだ!仕方がない、それなら俺ももう一つの顔、いや俺の正体、縛り師としてキッチリ管理人さんを調教してやるよ!

科学と発明が好きな真部博士は幼なじみの陽子の両親が大家をしているアパートに引っ越す事となった。
そのアパートは幽霊が出るという噂のいわくつきの部屋だったが、博士は破格の家賃の安さに惹かれ入居を決意。
引越しも無事終わり、陽子の兄・寿と引越し祝いの準備中に床に散らばっていた機械のパーツがショートして爆発、床に穴を開けてしまう。
するとその穴の中にあった奇妙な壷の中から金髪の雪女が現れた。
彼女の名前は瑠璃。
こうしてある日突然博士と雪女瑠璃との共同生活が始まった…。

竜二の最初の実験材料だった女・『神宮寺　成美』。
彼女と竜二の出会いから全ては始まる。
竜二に処女を奪われ、更なる辱めを受ける成美。
しかし、実験の中で何か得体の知れない恍惚感に貫かれてしまった成美は、竜二との同棲を始める。
蜜月の日々を過ごす二人であったが、それも長くは続かなかった…。
そして恋の口から語られる更なる真実。
ついに、その正体を見せる事件の全貌。
愛の果てに、憎しみの果てに、あるもの…それは殺意。
業界を走り抜けた戦慄が10度目の激震を起こす!最早、単なる美少女アニメと呼ぶにはあまりにも単純すぎる。
だからこそ人々に語り継がれ、歴史となり、神話となるのだ。

取調べの際にひかるの口から出てきた『藤沢 亜子』の名。
早速、刑事たちは亜子の身辺調査を開始する。
その中で今回の事件の核心にいるのは恋だけであると確信するのであった。
竜二の実験材料であった亜子は自宅の竹林の茂みの中でオナニーをしていた。
体中にテグスを巻かれ痛みと快楽に悶える自分を思い出し秘部を弄る亜子。
「先生、見てください！亜子はちゃんとやっています……あああ！」背筋がささくれ立つような実験の数々、そして事件の核心に迫るほどに深まっていく謎…。
全てはあの日、あの瞬間、そしてあの出会いから始まった…