闇の存在・魑魅魍魎が侵食しつつある魔都・東京。
正義のくノ一・対魔忍たちが活躍する影で、闇と闇が激しく胎動を始める……！闇の一勢力「ノマド」の同胞であった魔科医・桐生佐馬斗の裏切りを暴き、逃走する彼を追う魔界騎士・イングリッド。
しかし、摩天楼に潜む闇の教会で桐生の逆撃にあい、イングリッドは虜囚の身となってしまう。
復讐に燃える桐生は、イングリッドの気高き魂を破壊し、彼女のボスである吸血鬼・エドウィンを誘き寄せようと彼女に恨みを持つ魑魅魍魎の群れをけしかける！ そしてイングリッドの肢体は、無残にも徹底的に汚されていく！

　異世界フィオルシカアジルで打ち滅ぼされた魔王は粉々にされ、その断片＝魔石を埋め込まれ、魔導の力で生み出された少女たち。
彼女たちを人は”魔法少女”と呼んだ。
生れ落ちた瞬間から、魔王復活をもくろむ魔族たちに狙われる彼女たち魔法少女は、元いた世界から脱出し、異世界の人間の社会にまぎれこみ生活していた。
そしてこの世界に流れ着いた１人の魔法少女、イスカが柏木つみきと邂逅したことにより、物語の幕が開く。